Un netto incremento della specificità e soprattutto della sensibilità nella diagnosi di patologie Chamydia-correlate é reso possibile dalla determinazione diretta del DNA di tale patogeno, mediante la tecnica di PCR. Per mezzo di tale metodica, infatti, é possibile individuare una specifica regione del genoma di Chlamydia Trachomatis. permettendo una diagnosi precisa anche in quei campioni (urina, sangue) in cui il parassita può avere scarsa o nulla vitalità oppure carica microbica molto bassa (secreti congiuntivali, liquidi seminali e sinoviali). Infatti, é proprio in questi casi che si determinano le condizioni cliniche sfavorevoli (latenza, asintomaticità e cronicizzazione), che sono alla base dell’ elevata incidenza del contagio.